Bij het aanvragen van een natuurvergunning moet rekening worden gehouden met alle bronnen van stikstofuitstoot van het bedrijf. Dit betekent dat ook verkeersbewegingen, bijvoorbeeld wegens werkzaamheden op het bedrijf voor de aan- en afvoer van dieren en de aanvoer van veevoer meegenomen moeten worden. Dit zal vervolgens vergeleken moeten worden met de referentiesituatie. Dat is de situatie op het moment van aanwijzing van Natura 2000-gebieden.
Als er in de afgelopen jaren een natuurvergunning werd verleend, werd daarin meestal niet de stikstofdepositie door verkeersbewegingen meegenomen. Dit zou kunnen betekenen dat er door het nu wel meenemen van de verkeersbewegingen een toename van de stikstofdepositie ontstaat, waardoor dieren zouden moeten worden ingeleverd of er stikstofrechten zouden moeten worden verworven van derden. De Raad van State heeft echter op 18 november 2020 geoordeeld dat als voor een bepaald project, bijvoorbeeld een veehouderijbedrijf, een natuurvergunning is verleend, deze ook is verleend voor de daarmee gepaard gaande verkeersbewegingen. Dat betekent dat de stikstofuitstoot als gevolg van die verkeersbewegingen meegenomen mag worden in de berekening van de depositie in de referentiesituatie en er dus geen dieren behoeven te worden ingeleverd voor de uitstoot als gevolg van deze verkeersbewegingen.